¿A qué se refiere con "una cantidad de subtítulos específicos"? Yo lo acabo de probar con las versiones que indica y no tengo problema con aplicar el fondo a los subtítulos seleccionados. Le recomenadría que intente lo siguiente:
Desinstale VideoPad, luego borre 3 folders llamados VideoPad y uno llamado "Components" de estas locaciones:
**C:\Users\<username>\AppData\Roaming\NCH Software\VideoPad\
**C:\Program Files (x86)\NCH Software\VideoPad\
**C:\ProgramData\NCH Software\VideoPad\
**C:\Program Files (x86)\NCH Software\Components
**Si no encuentra alguno de estos folders, solo continue.
Reinicie la máquina y reinstlale el programa.
Si aún tiene problemas, puede solicitar soporte técnico aquí: https://www.nch.com.au/support/es/