Crescendoでは「シ」の音を境に音符の棒線が上下に変更するように設定されておりますので、残念ながら棒線の向きを変更することができません。
連符を作成するには、ツールボックスの連符ツールボタンをクリックし、次に連符の最初の音符と最後の音符をクリックしてください。Crescendoでは3連符がデフォルトで作成されますが、簡単に変更することもできます。そのほかの使用方法はソフトウェア内のマニュアルにて詳しく説明がございますので、ぜひご覧ください。
日本語マニュアルはソフトウェア内の右上にございます？マークをクリックしていただくか、メニューバーの「ヘルプ」より開くことが出来ます。